1. Chức năng và nhiệm vụ:

- Nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, phát triển công nghệ, ứng dụng và chuyển giao vào sản xuất, phát triển kinh tế.

- Nghiên cứu phòng chống thiên tai : Nghiên cứu phòng chống bão, lụt, sạt lở, xâm nhập mặn do sóng, triều, nước biển dâng.

- Nghiên cứu về biến đổi khí hậu, hạn hán, sa mạc hóa.

- Nghiên cứu các vấn đề lề lòng dẫn, chỉnh trị sông, vùng cửa sông ven biển.

- Nghiên cứu ứng dụng và chuyển giao công nghệ mới trong xây dựng các công trình phòng chống thiên tai ở khu vực miền Trung và Tây Nguyên.

2. Tổ chức bộ máy:

Lãnh đạo Trung tâm có Giám đốc và các Phó Giám đốc

Giám đốc do Viện trưởng Viện Khoa học thủy lợi miền Trung và Tây Nguyên bổ nhiệm theo sự phân cấp và miễn nhiệm theo quy định của pháp luật, chịu trách nhiệm trước Viện trưởng, trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Trung tâm;

Các Phó Giám đốc do Viện trưởng Viện Khoa học Thủy lợi miền Trung và Tây Nguyên bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Trung tâm chịu trách nhiệm trước Giám đốc Trung tâm, trước pháp luật về lĩnh vực được phân công phụ trách hoặc ủy quyền.